Faktura wystawiona elektronicznie musi zawierać informacje określone w rozporządzeniu Ministra Finansów w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania. Kilka słów o e-fakturach.
Dokumenty generowane w formie elektronicznej nie muszą zawierać oznakowania oryginał i kopia. W związku z tym mogą być przygotowywane jako jeden dokument. Dostawca po przesłaniu tego dokumentu droga elektroniczną zachowuje go w swojej dokumentacji a nabywca w swojej.
Szczegółowe regulacje w sprawie wystawiania e - faktur prawodawca wskazał w rozporządzeniu Ministra Finansów z dnia 14 lipca 2005 r. w sprawie wystawiania i przesyłania faktur w formie elektronicznej, a także przechowywania i udostępniania organowi podatkowemu bądź organowi kontroli skarbowej tych faktur.
Poza standardowym wystawianiem e - faktur istnieje możliwość wystawiania tychże dokumentów przez kupca. Jednym z wymogów jest terminowe przedstawienie do akceptacji faktury VAT dostawcy. Jednak kiedy istnieją przeszkody uniemożliwiające dostawcy akceptację w formie elektronicznej, dokonuje jej czytelnym podpisem na wydruku tej faktury.
Poza wystawioną elektronicznie fakturą istnieje możliwość generowania elektronicznej noty korygującej. Warto pamiętać, iż akceptacja takiej noty musi być wyrażona przez wystawcę faktury też w formie elektronicznej, chyba że stoją na przeszkodzie czynniki formalne lub techniczne. Wystawca faktury dokonuje w takim przypadku akceptacji poprzez czytelny podpis na wydruku tej noty.
Przepisy regulują również, jakie warunki powinien spełnić wystawca faktury przed wystawieniem e-faktury dla swojego kontrahenta. Musi on bezwzględnie uzyskać zgodę ze strony odbiorcy na tę formę wystawiania dokumentów. Zgoda może być udzielona w formie pisemnej lub w formie elektronicznej podpisana bezpiecznym podpisem elektronicznym. Brak takiej zgody uniemożliwia przygotowanie faktur w postaci elektronicznej.
Prawodawca określił moment powstania prawa do zmniejszenia kwoty podatku należnego w rozliczeniu za okres, w którym podatnik otrzymał fakturę albo dokument celny. Za moment otrzymania można uznać moment wejścia e-faktury na serwer pocztowy odbiorcy. Wystawcy i odbiorcy e-faktur powinni wiedzieć, iż dostarczanie faktur wystawionych elektronicznie na dyskietce lub na CD nie spełnia przepisów tyczących się sporządzania e-faktur.
Istotną informacją dla podatników korzystających z e-faktur jest sposób przechowywania tych dokumentów, jakie określił w rozporządzeniu prawodawca. Podstawową zasadą jest przechowywanie tych dokumentów na terytorium państwa. Muszą one być w ten sposób przechowywane, by w każdej chwili istniała możliwość ich wydrukowania. Ponadto musi istnieć stały i pełny dostęp do nich drogą elektroniczną, w tej samej formie i formacie, w którym zostały przesłane. Przez cały okres przechowywania musza być czytelne.
Tak jak dokumenty wystawione w wersji papierowej okres przechowywania e-faktur ma związek z upływem terminu przedawnienia się zobowiązania podatkowego – 5 lat od końca roku ,w którym upłynął termin płatności podatku.